冷卻水系統中形成的污泥與微生物的滋長繁殖密切相關，防止有機物的形成，只要殺滅或抑制微生物的生長繁殖，此類處理稱為殺菌處理。
　　殺菌處理分為氧化性殺菌外理和非氧化性殺菌處理兩類。
　　氧化性殺菌處理種類有：
　　1.氯化處理：氯化處理就是向水中加氯，殺死微生物
　　2.二氧化氯處理：它是一種黃綠色到橙色的氣體，也是一種有效的殺菌劑，具有類似氯氣的刺激氣味。無論是二氧化氯的液體（沸點11℃）還是氣體都是不穩定的，運輸時容易爆炸。因此通常在現場制備，就地投加。3. 3.臭氧處理
　　臭氧是（O3）是氧的（O2）同素異性體，它性質很活潑，具有強烈的氧化性。 臭氧它的殺菌能力比氯強，且速度快。用它殺菌不會在水中殘留有害物質，但是所需加藥量還沒有形成經驗
　　4. 溴化物
　　在堿性條件下，向水中加液氯會生成次氯酸根離子，殺菌能力減弱，所以當水中的堿度和 PH值較高時，可考慮用溴化物替代氯和氯化物。
　　非氧化性殺菌處理
　　在某些條件下用非氧化型殺菌劑比氧化型更有效、更方便。所以在循環冷卻水中有時將兩者聯合使用，如每天 （或者幾天）沖擊性加氯一次，同時每周加非氧化型殺菌劑一次。
　　常用的有非氧化型殺菌劑有氯酚類、季胺鹽類、銅鹽和有機化合物等。如：1227殺菌劑 異噻唑啉酮等
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