殺菌滅藻劑的品種有很多，但是其主要是分為2種：氧化性殺菌滅藻劑與非氧化性殺菌滅藻劑。其中氧化性殺菌滅藻劑的應用范圍要更加的廣泛。
　　氧化性殺菌滅藻劑與非氧化性殺菌滅藻劑的區別簡單來說如下：前者是通過將微生物氧化分解達到殺菌的目的后者是通過改變微生物上個某些特定基團通過有效抑制其活性從而達到殺菌的作用氧化性殺菌滅藻劑的作用機理是使蛋白質發生性質的變化而絕大多數細菌的外殼通常就是一層蛋白質，蛋白質變性后就直接導致細菌的死亡非氧化性殺菌劑又具體分為離子型和非離子型。非離子型殺菌劑主要是靠滲透到細菌體內或者在水中水解后與細菌的某些組分形成絡合物沉淀來達到殺滅或抑制細菌的目的。
　　這個類型的產品主要有：醛類，如甲醛、戊二醛；氯代酚類及其衍生物：有機錫化合物；異噻唑啉酮類等根據殺菌劑在水中帶電的正負性。離子型殺菌劑大致可分為陽離子型殺菌劑、兩性離子殺菌滅藻劑和陰離子型殺菌劑。季銨鹽作為最普通和最有效的陽離子殺菌劑之一，由于其疏水基團含有水溶性基團，提高了季胺鹽在水中的分散度，增加了表面活性，加強了殺菌劑在細菌體內的吸附作用，細菌呼吸糖酵解作用也大為減弱甚至消失。季胺鹽也能使蛋白質變性，使氯和磷化合物從細胞內滲出而導致細胞死亡。
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